化石種における形質の進化に自然選択説を適用する問題ですが、私はこれに一番興味がありま
す。
自然選択説は、適応的な形質がなぜ進化してきたのかを説明する仮説であり、非適応的な形質
が進化しえるかどうかについては何も言っていない。また、中立とか非適応的な形質も進化し
得て、その場合には自然選択とは別の何らかのメカニズム（ランダムドリフト進化説でもいい
です）が働いたとする。つまり、ある形質について、それが適応的なら自然選択説を適用し、
それが何の役にも立っていないとか有害な場合には、自然選択説じゃなく、別の進化メカニズ
ムを適用すると。
また、形質は全て適応的なものであるはずだから、一見非適応的に見えても、隠れた適応的な
意味があるはずだとして、適応的な意味を捜すような研究は、万能論であり価値はない。
NATROMさんは上記のような解釈をされているという理解でいいですよね？
もし間違っているようなら、訂正をお願いします。
>「これこれに役立っていたんだろう、それで進化したんだろう」というのは許されますが「これこれは役立っていたに違いない。なぜならすべての形質は適応的だったからだ」と結論付けるのは許されないと言ったのです。「適応的でなかったかもしれない」という可能性を頭にいれておかないと、河田の批判する「万能論者」のようになってしまうからです。
まず、本論とは違うことですが、河田の批判する万能論者は、形質でないものを形質とし、そ
こに適応的な意味を見つけようとする人のことであって、形質は適応的なものだけが進化しえ
るという意味の万能論（これが私の立場）じゃないです。
で、本論。
私がどうしても疑問なのは、実際に役立っていたかどうか分からない形質に「これこれに役立
っていたんだろう」としていいのかということです。
現存種でも、その形質の適応的な意味が分からないものはある。一見、こんな形質は有害だと
しか思えなかったものもある。しかし現存種の場合には、それを研究することはできます。ワ
ーカーなんてその典型でしょう。血縁淘汰を持ち出さないと、その適応的な意味を説明できな
いほどなんですから。
ところが、化石種ではその研究さえできない。
そういうものに、「これこれに役立っていたんだろう」とNATROMさん流の解釈をする人（非万
能論者）がやっていいのかと。
ある形質が進化する上で「これこれに役立っていたんだろう」とする必要自体さえないのに。
非適応的な形質も進化しえるとしているんだから。
>スパンドレルに対してなんらかの適応的意義を見出そうとしている点で、パンダの下肢の種子骨に適応的意義を見出そうとするのは、河田の批判する万能論者です。ちなみにグールドもよく批判しています。河田、グールド、そして私の批判の対象は同一です。（JA50さんが批判の対象ではない）
河田の批判する万能論者は、私も間違っていると思います。
私を指して万能論者としたのは、あくまでも「適応的な形質のみが進化しえる」という解釈に
対してです（どうもこのことを理解していない人が一人いる）。
>非遺伝的な変異であれば、自然選択説で説明できなくても当然ではありませんか。少子化が非遺伝的な変異であるかもしれない、という可能性は考慮しなくてもよいのですか？
これは既に議論した問題のはずですが、、、
動物行動学について最初から解説しないといけないことになる。
簡単に言います。
子を何人産み育てるかという行動様式が文化的影響を受けていないなどとは言っていません。
しかし、遺伝的影響も一部受けているはずだというのが、少子化現象に動物行動学を適用する
前提です。
もし、全く遺伝的影響を受けない行動様式なら、それは自然選択説が関係するものじゃありま
せん（形質じゃない）から、動物行動学が関与することじゃないです。
>「少子化が説明できなければ、動物行動学が意味を持たない」というようなことをJA50さんはおっしゃいましたが、仮にすべての形質が適応的であったとしても、少子化が形質でないなら、少子化が説明できなくても当然であると私は思ったのでかような質問をしたのです。
「少子化が説明できなければ、動物行動学が意味を持たない」というのは、結論を短絡し過ぎ
ています。
私が言っているのは、もし、非適応的な形質が進化しえるとしたら、動物行動というか社会行
動というか、そういうものに適応的な意味を見つけようとする研究は意味を著しく減じるとい
うことです。何の役にも立っていないのに進化しえると言われたら、ワーカーが子を作らない
でせっせと働くのは、包括適応度から見れば適応的なんだと苦労して示す必要はないです。
また、行動様式について、その遺伝子を特定しないと、自然選択説を適用してはいけないとさ
れても、動物行動学はその研究範囲が著しく小さくなります。「女王であれば働かずせっせと
子を産め、ワーカーなら子を産まずせっせと働け」というような遺伝子が実際に見つかってい
るわけじゃないです。
>同義であるとしていけない理由はありますか？
同義でないとしてはいけない理由は、既に何度も書いたように分子レベルと表現型レベルの進
化メカニズムの違いです。
突然変異遺伝子というのを、形質とか、表現型レベルの変異とかいうのに代えたら、それが成
り立つかどうかは分かりません。また最初の数学モデルも、形質とか表現型レベルのことを想
定して組み立てたものではないはずです。あくまでも突然変異遺伝子ということで組み立てて
いると思いますが。
>「ある突然変異遺伝子の淘汰係数がsとする。sが負であってもNe×ｓの絶対値が1以下であれば、その遺伝子が集団に固定することはありえる」という命題は認めますか？
あり得るでしょう。ほとんど０に近いが、無視しえるほど０ではない。
これを認めないと、中立説は成り立たないと思います。
>では、「ある突然変異遺伝子の淘汰係数がsとする。その突然変異遺伝子はAという表現型を生じる。sが負であってもNe×ｓの絶対値が1以下であれば、その遺伝子が集団に固定することはありえる」という命題は認めますか？
これは問題です。
表現型レベルに現れる場合には、よほど慎重でないといけない、何度も言っていますが。
木村の表現を借りれば「表現型的にはっきり効果を表す可視突然変異」というのになるでしょ
うが、こういう突然変異遺伝子の進化については中立説が成り立たないかもしれない。
Nesの絶対値が１以下という数学的な表現は、表現型的にほとんど変化をもたらさないというこ
とと同義かもしれない（というのは私の勝手な推測ですが）。
>分子進化におけるsはどうやって測ったのでしょうか？何のsなんでしょうか？
どうやって測ったのか、あるいはどうやって測れるのか、私は分かりません。
たぶん、数学モデル上のものだと思いますが。
「観測して算出する数字じゃなく」、数学モデル上のものじゃないでしょうか（ただし確信は
ありません）。
思考実験ですが、５０個体で測ったｓで、中立説を持ち出すような小さなｓに意味があるんで
しょうか？
ＢはＡに対して若干不利だというその数値の誤差を見たら、９０％近くがオーバーラップして
いるなどということはないんでしょうか？
その若干不利ということに有意差があるのかどうか、これは統計学の問題になるんでしょうが、
どなたか数学に詳しい人に解説をお願いしたいところです。もし有意差がある場合には、若干
不利などというのじゃなく、明らかに不利の場合のみだったということはないんでしょうか。
>この実験でsは観測して算出する数字ではありません。島の環境は一定なのですから、sが島によって違う値はとりません（というか、sが島によって違う値をとらないように島の環境を一定とわざわざ仮定した）。
ｓは島によっても同じと仮定し、さらにNesの絶対値を１以下だと仮定した。そういうほぼ中立
と見なされる突然変異遺伝子が、全体として１００個体の集団で広がり固定することがあるか？
これはコンピューター上でシュミレーションできると思いますし、そういうことをすれば、た
ぶんＡが固定することもあればＢが固定することもあるでしょう。そして、これが中立説の前
提だと思います（結論じゃなく）。偶然で、突然変異遺伝子の頻度が変化すること、それが中
立説の成り立つ前提ですから。
ただし、それを実際の表現型レベルの進化に適用していいかどうかというのは別問題です、何
度も言っていることですが。
>つまり、JA50さんが「中立な（or 不利な）形質がみられたら」
>というのは、集団中にじゅうぶんに固定された状態に判定をするこ
>とであって、中立な（or 不利な）変異がみつかったら即、自然選択
>説が反証された…とかそういう意図はないのですね？
というのともまたちょっと違うんです。
どう説明したらいいのか、、、
たぶんここらの誤解、それもお互いの誤解が行き違いの原因なんでしょう。
「中立な（or 不利な）変異がみつかったら即、自然選択説が反証された…とかそういう意図は
ない」というのはもちろんなんですが、それ以前に、中立な変異というのを何と比較して中立
なのかというのも、特に血液型を持ち出す人たちは誤解している（これは前から指摘している
ことで、何度も説明するのがアホらしいからほってあります）。
血液型の、例えばＡ型とＢ型で適応度の差がないということを持ち出して、私が主張している
ことの反例だと言うのはおかしいというのは、形質と変異の意味の違いに気づけば分かると思
うのです。
キリンの首が少し長いのと、少し短いので、適応度はほとんど違わないはずです。特に、現在
のように首の長さという形質について安定化淘汰の段階にある場合には、その適応度の差なん
て、ほぼ中立と言ってもいいかもしれない。でも、それは私が言っている「適応的な形質のみ
が進化しえる」、「非適応的な形質が進化することはない」という自然選択説の解釈と矛盾す
るものではない、というのは分かっていただけると思います。
キリンの首の長さという形質は、適応的であったから進化し得た。進化という言葉が問題なら、
少し長いという変異が長い時間に渡って選択されてできたものだと言ってもいいです。
うまく書けないのですが、これで分かってもらえたでしょうか？
逆によけい誤解を与えていたりしないか、心配なくらいです。
言われるようにwadjaさんが引用されたものは「木村先生の「生物進化を考える」からの抜粋」
で、Ｐ２２４から２２５に書かれています。
前にも書いたと思いますが、「突然変異率は単位時間(年)あたりの、生殖細胞を生ずる分裂の
回数に比例し」ているとしたら、年当たりの進化速度が一定となるのは当然だと思います。
ただし、そうだとすると矛盾が生じることになります（これについても木村は既に考察してお
り、その該当個所は「生物進化を考える」から引用しました）。
「劣性致死突然変異が物理的時間に比例して生じるとしたら、ヒトではショウジョウバエでの
突然変異率の１０００倍すなわち、毎代遺伝子あたり１％という異常な高率で起こることにな
り」、こんなことはあり得ないことです。
この矛盾を避けるには、「ＤＮＡ塩基の置換を生ずる分子レベルの突然変異は、従来研究され
てきた表現型的にはっきり効果を表す可視突然変異や致死遺伝子の出現率と違って、ほぼ物理
的時間に比例しておこっているはず」だというような都合のいいことを想定しないといけない。
木村が予想するようなことが実際にあるのかもしれませんが、もしそうだとするとこれも表現
型レベルと分子レベルの進化が異なるということの根拠になる。その根拠がさらに一つ加わる
ことになります。
>自然選択説の解釈にも異なるレベルの定義・解釈が、ありえますよね。
wadjaさんの言われるようにどう解釈するかでも違うでしょうし、どの層の進化に適用するかで
も微妙な違いがあると思います。「進化と人間行動」における自然選択説の定義と「分子進化
の中立説」のとでは少し異なるし。
「分子進化の中立説」では「自然淘汰とは突然変異型の間で増殖率が異なること」と定義して
います。こちらの方がより一般化した定義なのでしょうけど、形態の進化を主に研究している、
例えば古生物学者の中には受け入れがたいという人もいるのではないでしょうか。
>BNATROMさん他の皆さんはそうだと思いますが「有利な変異は広がる確率が大きい」
ＰＤＸ．さんへのレスでも書いたのですが、「有利な変異は広がる確率が大きい」というのは
あの自然選択説の定義からどうやって導けるのでしょうか？
有利な変異は広がるとなっているけど、そのどこにも「広がる確率が大きい」などというのは
ないし、「有利でない変異も広まり得る」などというのもない。いったいあの定義のどこから
導いたのでしょう？
>数学的モデルの限界は、その単純化の過程にあります。木村先生の学説に出てくる変異の固定確率の数学的モデルは、単一の遺伝子が持つ固有の「淘汰係数」を想定しているようですが、これは現実に比べてあまりに単純化されていると思うのです。
これは言われる通りだと思います。
その単純化したモデルが、自然界で成り立つのかどうかは、実際に自然界にあてはめて見るし
かない。そしてそうしたら、分子レベルでは確かに木村の学説は正しいようだとなったから、
その単純化したモデルは、分子レベルの進化に適用できそうだとなっているのではないでしょ
うか。
それを勝手に表現型レベルの進化に適用するのは無謀過ぎます、何度も言っていますが。それ
も木村自身が、支配している法則が違うと明言しているのに、専門家でもない素人がやるとい
うのは、私には驚き以外の何ものでもないです。
>淘汰係数自体は直接計測することが出来ず「固定された」結果から逆算するしか測りようが無いのですが、その他の遺伝子型の相違が影響していることを排除できませんから、実際には個々の遺伝子に対する淘汰係数を正確に測ることは不可能だと思うのです。
これもその通りでしょう。
ただ、その後の結論が分からないんです。
>モデルの概念を定性的な部分に延長して、「この遺伝子型の表現型は、明らかに普遍的に不利（もしくは中立）だから、淘汰係数は１以下のはず」だと判断することが重要になるのです。
なぜこれが成り立つのか分からない。
「明らかに普遍的に不利（もしくは中立）」なはずだと、何をもって判定するんでしょう？
人からみて、いかにも有利そうに見える、いかにも役立ちそうに見えるというのは根拠にはな
らないですよね。
一見不利なように見えても、よく見直したら、これこれの適応的な意味があったというのは沢
山あるし、よく見直しても適応的な意味を見いだせないような例もあるかもしれない。しかし、
それでもそれがある個体の方が、ない個体よりも子孫を多く残せているといたら（つまり増え
ているとしたら）、それは有利だ（適応度が高い）ということのはずです。適応度というのは、
成長し得た子の数なんですから、子孫を多く残せているのに、適応度が低いなどというのがあ
り得るでしょうか。
ある突然変異（表現型レベルでも分子レベルでもいいです）が出現し、ある期間がたってその
集団に固定したとしたら、その期間における平均の適応度は１以上のはずです。最初と同じ個
体数なら１でしょうし、それより減っておれば１以下。しかし、最初少数から出発し、最終的
にその集団の個体数にまで増加したんですから、その期間における適応度は全体として１以上
になっていないとおかしいと思うのです。
この私の考えを数式として表す能力はないので、もしかすると頓珍漢な考え違いをしているの
かもしれませんが、、、
>自然選択が進化の『唯一の』原因ではない、と言ってもいいでしょう
>か。（かなり大きな比率を占めているとは思いますが、全てを説明はで
>きないと思っています）
私も自然選択が進化の唯一の原因だなどとは言っていません。
種分化には他の原因が多くを占めているでしょうし、絶滅なんてはほとんどが偶然によるもの
と言えるかもしれない（私は、恐竜が哺乳類よりも適応的だったなどとは少しも思えない、単
に不運だったのだと）。
問題は、自然選択説が何に関する理論であり、何の存在を否定している仮説なのかのはずです。
私は、形質の進化に関する理論だと考えていますし、非適応的な形質は進化しえない、つまり
存在しないという説だと思います（なお何度も言ってますが、現在、非適応的とか何の役にも
立っていないとかいうのはあり得ます、こういう注は今まで何度もしてきたので、今回で終わ
りにします）。
>私の言う『進化』は、『向上』の意味を持たない単なる『変化』です
>から。自然淘汰以外の偶然により、役に立っていない形質が遺伝されて
>も不思議ではないと思っています。
>（もしくは、平均的な個体とは異なる形質だけど、同じ程度に有用、と
>いう場合も有りえますが）
「平均的な個体とは異なる形質」というのは、形質じゃなく変異ですよね？
「進化」が「向上」の意味を持たない単なる「変化」ということでも別段私はかまいません。
というか、向上というような人間の価値観を持ち込むべきではないとさえ言える。
ただ、それでなぜ、「自然淘汰以外の偶然により、役に立っていない形質が遺伝されても不思
議ではないと思っています。」というのが出てくるのか分からないし、そもそもこの文で何を
主張されたいのか分かりません。虫垂というのが人にとり役立たないものかどうか分かりませ
んが、役立たないと仮定しても、それが遺伝するものであるのは当然だと思いますが。
私は自然淘汰以外に形質の進化を説明する理論を知りませんが、もしかするとあるかもしれな
い（存在言明は反証不可能です）。また今は無くとも、将来、そういう理論が誰かによって唱
えられ、それが自然選択説に取って代わるかもしれません。ですから、そういうものについて
は、私は何とも言えません。もしそういうのがある、こういう説があるじゃないかとというの
があれば、説明してほしいですが。
>「進化」という語を用いずに、その形質が集団中に定着する
>ことにより集団全体の形質が変わることと見なして表現すれば、
ここでも、それから次の文も、形質と変異を混同していると思います。
「ある変異が集団中に定着することにより、集団全体の形質が変わる」、「中立的な変異は、
自然選択により後押しがないのでランダムにしか集団中に定着しない」とすべきじゃないでし
ょうか。
私が主張しているのは、自然選択は有利な変異が「集団中に定着する」という説だから、そう
いう変異の累積でできている形質が、中立とか有害などということで進化するはずがない、そ
ういう存在を否定している理論（仮説）なんだということです。
また、確率、可能性ということを言われていますが、非適応的な変異（表現型レベルでの話で
あって、分子レベルの話じゃないです）がどれくらいの確率で定着するかというのは分かって
いるのでしょうか？
それに、あの自然選択説の定義から、どうやったらその確率が出てくるのでしょうか？
自然選択説は、ただ「有利な変異が広がる（増加する）」としか言っていません。
>中立な形質が、それ自体は対して有利でもないのに、他の有利な形質
>に「引きずられて」広まる可能性を示唆する判りやすい例だと思います
>が。
でもそれなら、それを形質としていいんでしょうか？
スパンドレルと同じ事になってしまうような気がしますが、、、
>小さな集団で（ここが大事です）、有利（生存と繁殖に有利ということ）な変異がたまたま偶然に消失してしまい、残ったほぼ中立な変異のみが広がる、その結果としてほぼ中立な（生存と繁殖に中立か微弱に有害）な形質のみがが作られるという事が起こっていてもふしぎではありませんよね。
「小さな集団で、有利（生存と繁殖に有利ということ）な変異がたまたま偶然に消失してしま
い、残ったほぼ中立な変異のみが広がる」というのは自然選択説じゃないですよね。少なくと
も、あの「進化と人間行動」に書かれている自然選択説の定義とは異なるものです。ここで書
かれている説が、masayuki説というような独自の説なのか、それとも誰か専門家による説なの
か分かりませんが、その説の適否が今問題になっているのではありません。
自然選択説の解釈の適否です。
それと、ここにある「有利な変異」というのは、観察者から見て有利に見えるというのと、実
際その集団で計った適応度で言う「有利な変異」というのを混同していると思います。
もし、ある変異が、何かの理由で結果として（この「結果として」というのは重要ですよね、
もしかすると偶然かもしれない）、集団中に広がり、ついには固定されることがあったとして
も、観察され、測定された適応度は高いはずです。一見、有害に見えても、それが広がり固定
しているんですから、測定しそれで求めた適応度は、逃げるスピードが速い変異を持つ個体よ
りも、遅い個体の方が高いはずです。
私が不思議でしかたないのは、表現型レベルの進化について話しているのに、有害な（つまり
適応度が低い）変異を持つ個体が増え、ついには固定するなどというのがなぜあり得るのかな
んです。
逃げるスピードという形質について、速いと遅いという変異について長期間観察して見たら、
遅い変異を持つ個体の方が、増えていたとします。
この適応度はどちらが高いんでしょう？
私は、遅い変異の方が適応度が高いとしますが、masayukiさんはどうされますか？
有害な変異が広がった例としますか？
>＞自然淘汰とは、集団中における遺伝子頻度の変化を指すわけですから、注目しているのは、個体ではなく遺伝子です。
これは簡略化して言っています。また文脈全体を読んで下さい。
これじゃ、NATROMさんがエホバの本の引用で批判しているのと同じことになってしまいます。
それと、この文脈で言われている遺伝子というのを、分子レベルにおける対立突然変異遺伝子
とかＤＮＡ塩基の変化、ある酵素におけるアミノ酸の変化というように解釈をするのは間違っ
ています。
自然淘汰は、集団中における遺伝子頻度の変化という意味じゃない。
集団中の遺伝子頻度の変化を引き起こす原因の一つです。
分子レベルでは、その主な原因はランダムドリフトによる。しかし、表現型レベルではそうじ
ゃない。
動物行動学で言う遺伝子とは、例えば「もし女王ならば働かずせっせと子を産め、ワーカーな
ら子を産まずせっせと働け」というような意味です。ＤＮＡ上に存在するある具体的な遺伝子
というような意味とは異なります。
そういう意味での遺伝子について、その遺伝子頻度がなぜ増加したのか、それを説明するのが
普通の自然淘汰説ではできなかった（非適応的な形質が進化しえないとしているから）が、そ
こに血縁淘汰を持ち込むことで、そういう遺伝子も実は適応的だとできたんです。
「女王ならば働かずせっせと子を産め、ワーカーなら子を産まずせっせと働け」という表現型
をもたらす遺伝子の方が、「ワーカーでも働くのをサボり隠れて子を産め」という表現型をも
たらす遺伝子よりも適応的（適応度が高いという意味）だと。
> 目標も、計画書も何もないのに？
目標も、計画書も何もないから人間の目の網膜は裏返しなんです。
哺乳類の雄には乳首があり、人間には虫垂があるんです。
パンダの親指は本当の親指じゃなくて種子骨なんです。
生存に有利でも不利でもない変異があるんです。
もういちど生物の誕生から進化をやりなおしたなら、
知能は同じでも姿形の全く違う人間(？)が誕生するかもしれません。
To tomiさん
＞ ある生物内で起こる化学反応の式を一つ一つ書いていくと、新聞紙一面
＞になると聞いたことがある。これだけの複雑な反応が偶然に成立したなど
＞ありえないことくらい、少し頭がよければ分かるはずである。
その新聞紙一面に書いた式の全てが一度にでき上がるなんて言っている
進化論者はいませんので、上の一文にさほどの意味はないかと思います。
まだ生命と呼べないレベルの化学進化の段階ですでにでき上がっていた
反応もあるでしょうしね。その中には、上の新聞紙一面に書かれていた式
の一部も含まれているでしょうから。
光合成については、現在まだまだ研究中（なにしろ、人間の科学は未だ
に生物由来の葉緑素に依存しない光合成を達成していない）ですので、こ
れこれこのように進化しました、という説明は誰にもできないでしょう。
＞ 光合成が完成していない間は、生物にとって有利な形質を得たという
＞ことにはならないのだから、生存競争に勝てる保証はどこにもないわけ
＞だ。生存競争に勝てる保証がどこにもなく、他の生物と比べても有利な
＞形質（光合成）を持たないにもかかわらず、進化だけは次々と進んで、
＞徐々に光合成の化学反応が完成されていった？
生存上不利でなければ、その形質が排除される理由もありませんので、
役に立たない状態でその形質が進化していったとしてもさほど不思議では
ありません。
（少なくとも、光合成の仕組みほど不思議ではないと思います）
ＤＮＡの二重らせん構造が確認されたのが、１９５５年。さらに塩基構造などを詳しく特定できるようになってきたのは、ごくごく最近。分子レベルでの生命の仕組みが、全て簡単に解明されているのなら、生物３５億年の歴史もなんだかむなしい（笑）。
今の生物学を総動員しても、tomiさんの疑問全てに答えることは出来ないでしょうね。一つに答えられたとしても、次の質問が出てきそうですから。私自身全知全能の神様が答えてくれるのなら聞きたいことは山ほどありますが、神様にコンタクトできないんでこの掲示板で皆さんに色々教えてもらってます。
でも、これはいただけませんねー
>ある生物内で起こる化学反応の式を一つ一つ書いていくと、新聞紙一面になると聞いたことがあ
>る。これだけの複雑な反応が偶然に成立したなどありえないことくらい、少し頭がよければ分か
>るはずである。
これって、「気づかないあなたたちは、頭の悪い人。僕は頭の良い人」って言ってるようにしか、聞こえません。
あと、私は分子生物学は全くの素人ですが、「20種類のアミノ酸が、偶然に、アミノ酸100個からなるある特定のたんぱく質を作り出す確率は、２０の１００乗分の１である」ことを真だと仮定するなら、「20種類のアミノ酸が、偶然に、アミノ酸100個からなるなんらかのたんぱく質を作り出す確率は、１である」も真ですね。
tomiさんは、生物の成り立ちに「計画書」を期待してるんですか？それは、どういった「計画書」なんでしょう？よかったら教えてください。
> 20種類のアミノ酸が、偶然に、アミノ酸100個からなるある特定のたんぱく質
いきなり100個ものアミノ酸が特定の配列で繋がると考えるからそうなります。
最初の生命はもっと単純でしょう。ココは核酸で説明します。
最初の生命は塩基が20個ぐらいだったそうです。
4種類の塩基が20個連なるのは10の130乗どころか10の12乗しかありません。
これは約10兆です。日本の借金より安いです(笑)。
そのうちたった1種類だけが生命に進化するとは限らないでしょう。
また、下手な鉄砲数撃ちゃ当たるともいいます。
原始地球にどれだけヌクレオチドがあったか知りませんが、
大量の塩基が何度も繋がるという試行を繰り返せばいつかは生命が誕生するでしょう。
さらに20個も必要だったかという検証も必要です。
もしかしたら10個でも良かったかもしれません。
＞計画書もなしに
偶然向かったこちらに我々がいた
じゃいけないんですか？
現実の理論がそこまで行っていないのをいいことに、そこまでけして行けないような言い方をして論理を進めるのはどうかと思いますが。
思いっきり素人考えで説明してみます(笑)
DNAやRNAという、たんぱく質の型がある場合、安定したたんぱく質の部分を作れるDNA、RNA鎖は作った部品によって他の鎖より安定なのではないか（役に立つたんぱく質はある程度安定＞その一部もある程度安定？）
で、この部品の組み合わせとしてたんぱく質ができているとすると、より役に立つたんぱく質の部品ができる場合、その対応するDNAも安定になるので、たんぱく質のできていくスピードは指数関数的に速くなります。（指数の部分が1,2,3･･･と増えていくのと同じ)そうなると、10の130乗なんてたかが10の130乗です。ついでにこう考えると、このDNA鎖を混ぜるスピードが反応の速さに直結するので、月による潮の満ち引きの力も大きかったんでしょうね。
あと、光合成についても書かれてますが、問題なのは、よりポテンシャルエネルギーの高い物質ができる反応だけだと思います。そうでない反応は勝手に起きるもの。で、ポテンシャルエネルギーの高い物質は利用価値が高いですから、その反応を獲得した微生物が生き残っても別に不思議はないのでは？そう言った反応の組み合わせで光合成ができたとしてもいいんじゃないですか？なんちゃって、専門家の方、こういう考え方はどうでしょう？
20種類のアミノ酸が、偶然に、アミノ酸100個からなるある特定のたんぱく質を作り出す確率は、２０の１００乗分の１であるというと、「特定のアミノ酸同士の結びつきが高いから、確率はもっと高くなる」という人がいる。
しかし、アミノ酸同士の結びつき方は、あくまでもランダムであり、その特定のたんぱく質を作り出す著しい傾向を示しているとは限らないわけだから、「ランダム度」にさほど変化はないと思われるがいかがだろう。
つまりだ。
必要とされるたんぱく質の構造と、そのアミノ酸同士の結びつき方とは、まったく互いに独立しているわけだ。そのアミノ酸同士の結びつき方が、そのたんぱく質をうまく作り出すことにプラスになるかマイナスになるかはわからない。もしかしてプラスに働くかもしれないし、マイナスに働くかもしれない。
もちろん、プラスに働けば、その特定のたんぱく質が偶然に生成される可能性が高まるわけだから、その化学反応全体の成立にとっては益になり、それゆえ、偶然によって化学反応が成立したと言うことができるだろう。例えば、「このアミノ酸とこのアミノ酸との結合しやすさによってこのたんぱく質が偶然に生成され、その結果、化学反応が進み、ATPがうまい具合にできました」と。
しかし、この逆もあるわけである。
「このアミノ酸とこのアミノ酸との結合しやすさによって、求めていたたんぱく質が生成されず、その結果、化学反応が進まず、ATPがうまい具合にできませんでした」という可能性もあるわけである。
だから、特定のアミノ酸同士の結合のしやすさを根拠にして、偶然に特定のたんぱく質ができる確率を著しく高めることは不可能であろう。
アミノ酸100個からなるたんぱく質を作る確率が１０の１３０乗分の１であると言うと、「特定のアミノ酸同士が結びつきやすいのだから、これよりも確率は高い」という人がいる。
しかしだ。
複雑な生体内の反応が偶然に成立したことを示すには、こんな100個のアミノ酸からなる小さなたんぱく質一つが偶然にできる確率が高いことを示したくらいで何にもならないのである。（しかも、実際にどのアミノ酸同士が結合力がどれだけ高いかも示さなければ説得力はまるでない）
とにかく、分子レベルの話になればなるほど、「偶然に生物の諸器官、諸機能ができました」なんていう議論は、口が裂けても言えなくなるのである。
ある生物内で起こる化学反応の式を一つ一つ書いていくと、新聞紙一面になると聞いたことがある。これだけの複雑な反応が偶然に成立したなどありえないことくらい、少し頭がよければ分かるはずである。
光合成の複雑な複雑な化学変化を促進するすべての酵素がすべて偶然に生まれた？その１つを構成するたんぱく質ですら、へたすると１０の130乗分の１の確率でしかできないのだ。
そもそも、こういった複雑な化学反応が成立した過程をも進化論は説明できるのだろうか？
ある植物（未満）が、途中まで光合成の化学反応の機能を遺伝的に獲得した（DNAが突然変異によって整った）としても（例えば、光合成完成まで30パーセントの地点まで到達とか…）、光合成が完成していない間は、生物にとって有利な形質を得たということにはならないのだから、生存競争に勝てる保証はどこにもないわけだ。生存競争に勝てる保証がどこにもなく、他の生物と比べても有利な形質（光合成）を持たないにもかかわらず、進化だけは次々と進んで、徐々に光合成の化学反応が完成されていった？
次から次へと都合よく、DNAが突然変異して、必要な酵素やたんぱく質などが奇跡的に追加されていき、壮大な化学反応は整えられていった？目標も、計画書も何もないのに？
このような化学反応の成立過程を、突然変異と淘汰の考え方でどうやって説明するのだろうか。
＞なぜ化石種では、全ての形質は適応的だったとするんでしょうか？
していません。
「これこれに役立っていたんだろう、それで進化したんだろう」というのは許されますが「これこれは役立っていたに違いない。なぜならすべての形質は適応的だったからだ」と結論付けるのは許されないと言ったのです。「適応的でなかったかもしれない」という可能性を頭にいれておかないと、河田の批判する「万能論者」のようになってしまうからです。
＞>ほとんど体全体の器官で発現している遺伝子もありますが、その場合、体全体を形質とすべきですか？
＞体全体を形質とすべき？
＞どういう意味での質問なのか理解に苦しみます。
私も「下肢の種子骨と上肢の種子骨が同一の遺伝子で支配されているならば、上肢と下肢の種子骨両者を一緒にして形質とすべき」というJA50さんの主張に対して理解に苦しみました。
＞>河田が「進化論の見方」で皮肉っているのも河田が作り上げたカリカチュアでしょうか？
＞たぶん河田が作り上げたカリカチュアじゃなく、別の人のものでしょう。
＞ただし、パンダの下肢の種子骨というのは、NATROMさんが作ったカリカチュアです。
スパンドレルに対してなんらかの適応的意義を見出そうとしている点で、パンダの下肢の種子骨に適応的意義を見出そうとするのは、河田の批判する万能論者です。ちなみにグールドもよく批判しています。河田、グールド、そして私の批判の対象は同一です。（JA50さんが批判の対象ではない）
＞問題は、なぜこれほど非適応的な変異が多いのかです。
非遺伝的な変異であれば、自然選択説で説明できなくても当然ではありませんか。少子化が非遺伝的な変異であるかもしれない、という可能性は考慮しなくてもよいのですか？
＞動物行動学が意味を持たないか、という問いの意味がよく理解できません。
JA50さんが最初に言い始めたことです。「少子化が説明できなければ、動物行動学が意味を持たない」というようなことをJA50さんはおっしゃいましたが、仮にすべての形質が適応的であったとしても、少子化が形質でないなら、少子化が説明できなくても当然であると私は思ったのでかような質問をしたのです。
＞同義であるとしていいんでしょうか
同義であるとしていけない理由はありますか？JA50さんにその理由を尋ねても「分からない」としか答えない。同義であるとしてよい理由は何度も説明したのですが、「疑問です」というお答えばかりです。
「ある突然変異遺伝子の淘汰係数がsとする。sが負であってもNe×ｓの絶対値が1以下であれば、その遺伝子が集団に固定することはありえる」という命題は認めますか？
では、「ある突然変異遺伝子の淘汰係数がsとする。その突然変異遺伝子はAという表現型を生じる。sが負であってもNe×ｓの絶対値が1以下であれば、その遺伝子が集団に固定することはありえる」という命題は認めますか？
＞例えば、そのｓはどうやって計ったのでしょうか？
＞何のｓなんでしょう？
分子進化におけるsはどうやって測ったのでしょうか？何のsなんでしょうか？
なんだか根本的に誤解されているようなので、別の思考実験を提示します。分子進化の中立説を理解していない人に説明しようとして、10000個の島に対立遺伝子AおよびBをもった個体を50個体ずつ配置する思考実験を提示したとしましょう。BはAに対して若干不利であったとしても、島によってはBが固定することもあることを理解して欲しいために考えた思考実験です。その固定する確率は、島に許される集団の大きさ（Ne）と、どの程度不利であるか（s）に依存します。（ここまでJA50さんは納得できますか？）
中立説を理解していない人は、「１００個体しかない集団で計ったｓというのはどれほどの誤差を含んでいるのか」「対立遺伝子Aが固定した島で対立遺伝子Bの淘汰値を計ったら０以下になるというのがあり得るのか？」「Aが固定した島とBが固定した島におけるそれぞれの淘汰値は、たぶん違う値を示すと思う」などというでしょうが、どれも的外れです。この実験でsは観測して算出する数字ではありません。島の環境は一定なのですから、sが島によって違う値はとりません（というか、sが島によって違う値をとらないように島の環境を一定とわざわざ仮定した）。sが島によって違う値はとらなくても、Aが固定することもあれば、Bが固定することもあるというのが中立説の結論です。
To JA50さん
＞ 私も多型というのをよく理解していないので、以下のことは頓珍
＞漢なレスかもしれないのですが、この部分は形質と変異の混同（も
＞ちろん私から見てです）および固定と多型の混同があるように思え
＞ます。
後から自分の文章を読み返して、多少上記の語の使い方などに
混乱があったことに気付きました。御指摘ありがとうございます。
つまり、JA50さんが「中立な（or 不利な）形質がみられたら」
というのは、集団中にじゅうぶんに固定された状態に判定をするこ
とであって、中立な（or 不利な）変異がみつかったら即、自然選択
説が反証された…とかそういう意図はないのですね？
そうであればこのあたりは私が JA50 さんの意図を汲み取れていま
せんでした。申し訳有りません。
ただ、そのことを認めた上でも、今までに説明してきた通り、中立
な変異が偶然定着することは多いにありえると思いますし、多少不利
な程度の変異であれば、有利な変異にたまたま引きずられて定着して
しまうであろうことはあり得る、という主張はなんら変わりません。
国立遺伝学研究所のＨＰでこんなのを見つけました。
http://www.nig.ac.jp/museum/evolution/evolution.html
「．．．このような分子レベルの突然変異の主原因は生殖細胞の形成に導く生殖系列での(germline)での細胞分裂におけるDNA複製の誤りではないかということである。もしそうなら、このような突然変異率は単位時間(年)あたりの、生殖細胞を生ずる分裂の回数に比例し、ヒトとネズミの間に大差がなく、世代の長さとは直接比例しなくても不都合はないことになる。最近、九州大学の宮田隆博士とその共同研究者は、この考えに基づき、ヒトやネズミ類を含む数種の生物の系統について、常染色体上の遺伝子にくらべ性染色体(XおよびY染色体)上の遺伝子の進化における同義的塩基置換率に差があるかどうか、またあるとしたら、その差は雌雄の生殖細胞の分裂回数の違いから予測されたところと一致するかどうかを調べ、ほぼ予想通りの結果を得た。 」
木村先生の「生物進化を考える」からの抜粋かも知れませんが、文章から木村先生自身が書かれたもののような気がします。ご本人も、ＪＡ５０さんと同様、実際の観察結果から得られる「進化速度は、種に関係無く年当たり一定」なことには、「何故世代ごと一定ではないのか」と悩んだ節があります。
上記ＨＰの「遺伝学の歴史」や「進化と遺伝」のコーナーは（まだ全部見てませんが）、私のような素人に少し難解な単語も出てきますが、分かりやすくまとめてあるのでお勧めです。
ひとまず化石を見てきましたが、よくわかりませんでした。すいません。
全身骨格はステゴザウルスしかなかったし、おまけにレプリカ。まあ、地方にそうそう雷竜の全身骨格だの何だのがあるわけもなく･･･。
でも、近くの象の骨格標本と見比べてもひじの骨の張り出しとか大きく違うので、筋肉の断面積だけで評価できないなと反省しました。
＞舞さん
＞ちなみにこの遺伝子のノックアウトマウスも筋肉隆々。この遺伝子の
＞多型でマッチョなヒトとそうでないヒトになるのかもしれません。
＞さて、この遺伝子は適応的に働いているんでしょうか？
筋力が強いと、緊急時の対応力が大きいが、平時のエネルギー消費も大きい。
これは、それこそ環境次第では？素人考えですが。
「新 形づくりの分子メカニズム」（羊土社）という本をひもといて
いたら、１３３ページに出てました。myostatin という、骨格筋の
成長を抑制する遺伝子に mutation を持った牛だそうです。ただ、
あまりおいしそうじゃないけど。
ちなみにこの遺伝子のノックアウトマウスも筋肉隆々。この遺伝子の
多型でマッチョなヒトとそうでないヒトになるのかもしれません。
さて、この遺伝子は適応的に働いているんでしょうか？
>思考実験ですが、そもそもそういう例にNesがどうのというような式を適用していいのかどうか疑問です（分子進化と表現型進化は支配している法則が違うという、私が何度も言っていること）。
Nesがどうのというような式は、もともと表現型を対象としたものだ、という私の発言を読んだ上での発言なんですね。これが。
人のツッコミを無視するのは構いませんが、ある程度はそれを踏まえた発言をしないと笑いものになるだけですよ。
> 私は、命題論理ならなんとか理解できるのですが、述語論理になるととたんにあやしくなります。
そうですか・・・私は述語論理があやしい人と反証可能性について議論していたのですか・・・
いや、ひとりごと。
＞へちさん
＞確かその変異は種を越えて存在している奴でしたよね。
さあ、私が考えたものは仮想的な形質ですから。
ただ、種を越えて存在していても不思議はないですよね。
それより、細胞の表面に存在する糖鎖を形質としてしまっていいのかどうか、確認する方が先決だと思います。
私が尋ねても返事は返ってこないと思うので、どなたか代わりに聞いていただけるといいのですが。
それと、前から疑問に思っているのですが、分子レベルで有利な変異が広がることは、JA50さん的には何て言うんですかね。自然選択ではないですよね。中立な変異が存在するし、それが広がっていますからね。それとも分子レベルの自然選択は中立な変異の存在を認めて、表現型の自然選択ではそれを認めないのかな？
>有利な変異が広がるのはもちろんだが、有利でない変異も広まりえるとしたら、これは反証し
>ようがありません。
自然選択説の解釈にも異なるレベルの定義・解釈が、ありえますよね。
@ＪＡ５０さんの言われる、「有利な変異のみが広がる」。
Aこの掲示板に、この定義を用いる人が居るかどうか分かりませんが「全ての有利な変異が広がる」
BNATROMさん他の皆さんはそうだと思いますが「有利な変異は広がる確率が大きい」
その他にも色々考え得るでしょう。
たしかに@ならば、「有利でない変異が広がることがある」で、反証されます。全称肯定命題ですから、反証するには一つの反例を挙げれば良いので簡単です。Aも同様です。「有利な変異が広がらないことがある」例を見つければ、反証したことになるでしょう。しかし、Bの場合は全称肯定命題ではないので、反証は大変です。しかし、反証が不可能という訳ではありません。「有利な変異であっても、広がる確率は必ずしも大きくない」ということを、証明すれば良いのですから。論理的に考えて普遍的に有利なはずの形質が、その広まりかたに何の影響ももたらしていない例を、数多く見つけてくれば反証可能です。尚且つ、Bの命題であれば、「有利な変異が広がるのはもちろんだが、有利でない変異も広まりえる」こととは矛盾しません。
数学的モデルの限界は、その単純化の過程にあります。木村先生の学説に出てくる変異の固定確率の数学的モデルは、単一の遺伝子が持つ固有の「淘汰係数」を想定しているようですが、これは現実に比べてあまりに単純化されていると思うのです。
現実には−ＪＡ５０さんもお気づきだと思いますが−、自然に存在する生物の集団を考える時、個体間の差異が一つの遺伝子のみに限定されることは、まずありません。淘汰係数自体は直接計測することが出来ず「固定された」結果から逆算するしか測りようが無いのですが、その他の遺伝子型の相違が影響していることを排除できませんから、実際には個々の遺伝子に対する淘汰係数を正確に測ることは不可能だと思うのです。
故に、モデルの概念を定性的な部分に延長して、「この遺伝子型の表現型は、明らかに普遍的に不利（もしくは中立）だから、淘汰係数は１以下のはず」だと判断することが重要になるのです。「ある集団に固定されている遺伝子型の淘汰係数が、負ではあるはずが無い」と断定することは、現在中立にしか見えないが固定した変異を、過去にさかのぼっても有利では無かったと、短絡的に考えることと同様に危険なことではないかと思うのです。
To JA50さん
＞自然選択説とは何か、というので、私は形質の進化を説明するものだ
＞と考えているんですが、NATROMさんはその適用範囲を限定していると
＞思うのです。ＰＤＸ．さんはさらに適用範囲を限定しているように見
＞えます。
自然選択が万能ではない（自然選択がかからない、もしくは自然選択
の影響が他の影響に対して無視できる程度に小さい）という『事もあり
うる』という意味での限定です。
自然選択が進化の『唯一の』原因ではない、と言ってもいいでしょう
か。（かなり大きな比率を占めているとは思いますが、全てを説明はで
きないと思っています）
＞ 方向性淘汰や分断性淘汰の場合は、進化に方向性があるように見え
＞ると思うのですが、安定化淘汰ではその方向性が無いように思います。
＞それとも、ある一点に留まるというのも一種の方向性とするんでしょ
＞うか？
そうです。遺伝子の変異がランダムなものである以上、必ずしもその
状態を維持し続けることもできないでしょう。（無論、確率的には平均
的な個体が一番多い筈です。しかし、平均から外れた個体が淘汰されな
ければ、平均的な状態が維持されるのは難しいのではないでしょうか）
＞ 非万能論では、単なる突起が進化するのに、それが「役に立ってい
＞る」必要はないと思うのです。
ええ、必要有りません。
私の言う『進化』は、『向上』の意味を持たない単なる『変化』です
から。自然淘汰以外の偶然により、役に立っていない形質が遺伝されて
も不思議ではないと思っています。
（もしくは、平均的な個体とは異なる形質だけど、同じ程度に有用、と
いう場合も有りえますが）
＞ そして、もしその突起が役に立っていなければ、中立的な形質でも
＞進化しえる（ただしこれは自然選択説では説明できない）と言い、も
＞し何かの役に立っておれば「役立つ時点で自然選択がかかる」として
＞自然選択説で説明する。
＞ こういう理解でいいでしょうか？
相変わらず私と JA50 さんとでは「進化」という言葉の示すものが
異なるような気がしてならないので、敢えて用語を限定させていただ
きます。「進化」という語を用いずに、その形質が集団中に定着する
ことにより集団全体の形質が変わることと見なして表現すれば、
中立的な形質は、自然淘汰による後押しがないのでランダムにしか
集団中に定着しえない（とりたてて有利ではないので、運が悪ければ定
着せずに失われてしまう）が、変化がある水準に達し、自然選択がかか
る程度に有用になった時点で自然淘汰による後押しがかかるため、それ
までよりも高い確率で定着し、集団中に同じ遺伝子を持つ個体が増える
ことでさらに加速される。
とでも言えるでしょうか。
その形質そのものの変化（突起が『より長くなる』とか）は、集団中
における平均的な個体が、まったく突起をもたない場合に比べれば、短
くとも突起を持つ個体が多数派という状態であれば、より長い突起を持っ
た子孫が誕生する確率は増えるでしょうから、上の理由により集団中に
その変異が拡がれば、その形質がより拡大する方向に変異する可能性も
増えると推測できます。
＞>遺伝子としては独立はしているけど、同じ染色体に抱きあわされてし
＞>まっているから、一緒に遺伝する確率は高くなりますよね？
＞ もちろんそうでしょう。
＞ これを「引きずられる」ということの実例とされているんですか？
中立な形質が、それ自体は対して有利でもないのに、他の有利な形質
に「引きずられて」広まる可能性を示唆する判りやすい例だと思います
が。もちろん、単純しぎるモデルとは承知しています。
（NATROM さんが例にあげているパンダの後肢の種子骨の例とはたぶん
事なると思います）
大型翼竜が飛ぶには、
やはり、強い上昇気流がないと無理なのかなぁ。
海の近くが主な生活場所だったんでしょうなぁ。
＞体全体で発現している遺伝子というので私がすぐ思いつくのは、体の大きさです。
＞大きさというのがまだ不明確なら、体積でもいいです。
遺伝子の発現ってそんな意味じゃないって。
これまでのもっともらしい言説も、すべて、くずれちゃいました。
＞「進化と人間行動」p35
＞自然淘汰とは、集団中における遺伝子頻度の変化を指すわけですから、注目しているのは、個体ではなく遺伝子です。
と書いてありますが、JA50さんはまだ答えてくれるのでしょうか？
＞有利（生存と繁殖に有利ということ）な変異が広がる（私のはここに「のみ」がついている）、その結果として適応的（生存と繁殖に有利）な形質（のみがついている）が作られる（これが累積淘汰）というのが私流の理解です。
適応的な形質が自然選択で作られるのは当然だと思いますが。
小さな集団で（ここが大事です）、有利（生存と繁殖に有利ということ）な変異がたまたま偶然に消失してしまい、残ったほぼ中立な変異のみが広がる、その結果としてほぼ中立な（生存と繁殖に中立か微弱に有害）な形質のみがが作られるという事が起こっていてもふしぎではありませんよね。
適応的な形質が自然選択で作られるのは当然だと思いますが。
>しかし、同じ場で議論する以上、同じ理解で扱うように努力すべきと思います。
その通りでしょう。
しかしはたして可能かどうか、、、
まぁ、お互い、そういう意味かというのが分かればいいんじゃないでしょうか。
>ワケワカメ？なんですかそれ？
わけの分からないものになる、という意味です。
>そしてそれによって生物の形態も変化するのです。それが進化の定義でしょう？
もちろんそうです。
>JA50さん流だと適応的形質がどのように作られるか、うまく説明できませんから。
そんなことはないです。
有利（生存と繁殖に有利ということ）な変異が広がる（私のはここに「のみ」がついている）、
その結果として適応的（生存と繁殖に有利）な形質（のみがついている）が作られる（これが
累積淘汰）というのが私流の理解です。
適応的な形質が自然選択で作られるのは当然だと思いますが。
だめです、まだ理解できない。
ここが数学に弱いところです。
>自然選択説を「有利な変異のみが広まる」と定義した場合、確かに「広まっているが有利では無い変異も存在する」ことは、自然選択説の反証になります。
その通りで、私の自然選択説理解はこれ。
「存在する」という言明は証明でき、それで元の仮説（自然選択説という普遍言明）を反証で
きる。
NATROMさんの自然選択説の解釈ではこれが可能かどうか、私は疑問なんです。
どう説明したらいいかまだまとまっていないのであれなんですが、、、
有利な変異が広がるのはもちろんだが、有利でない変異も広まりえるとしたら、これは反証し
ようがありません。
同様に、適応的な形質のみが進化しえるというのじゃなく、中立とか非適応的な形質も進化し
えるというのなら、反証しようがない。これは否定も肯定もしていないというのであっても同
じです。
反証するためには、元の仮説をこれこれのものは存在しないという非存在言明の形にするか、
これこれのものは存在するという言明が証明できたら、その仮説を反証したことになるように
しないといけない。しかし、NATROMさんの解釈では（非万能論）によれば、どうしても私には
そういう形を作ることができないんです（wadjaさんはできますか？）。
私の解釈では（万能論）では、非適応的な形質が進化した例を一つでも持ってくればいい、そ
の存在を証明したら反証になります。
>しかし「全ての有利な変異は広まる」と定義した場合の反証は、「広まらなかった変異の中に有利なものがあった」（対偶の否定）になるのではなかったでしたっけ。「不利な変異も広がる」（裏）も、「広がる変異は有利である」（逆）も、元の命題の真偽を判定するのには、役に立たないはずでしたよね？
私は、命題論理ならなんとか理解できるのですが、述語論理になるととたんにあやしくなりま
す。
「全ての有利な変異は広まる」の対偶は「広まらない変異ならば、その中に有利でないものが
ある」だと思います。で、この否定はどうなるんだろう、「ならば」も否定しないといけない
のかな、、、
自然選択説は、有利な変異が広がる（ただし全部とは限りませんが）、そしてその結果として、
適応的な形質が進化するというものだというのに、NATROMさんと私で違いはないと理解してい
ます。
NATROMさんも自然選択で、中立的とか非適応的な形質が進化しえるなどと言ってはいない。
違いは、私は中立的とか非適応的な形質が進化したことが証明できれば反証になるとしている
のに対し、NATROMさんはそうじゃないとしているところです（と理解しています）。
自然選択説は、中立的とか非適応的な形質が進化しない、ということには否定も肯定もしてい
ないということなんだと思います。
>なぜ？「これこれは役立っていたに違いない。なぜならすべての形質は適応的だったからだ」と結論づけることは許されませんが。
え？、非万能論（私の定義によるものです、NATROMさんたちの自然選択説解釈を指して言って
ます）者がこういうことをやっていいんですか？
万能論（これも私の自然選択説の解釈を指して言ってます、ほんとなんでこんなことにまで注
を入れないといけないのか、横やりを入れるなら流れを読んでからにしろと言いたい）者なら、
全ての形質は適応的だとしているんですからこれは当然です。しかし、形質は非適応的とか中
立のも進化しえて、それらは自然選択説では説明できない、あるいは否定も肯定もできないと
している人（非万能論者）では、「すべての形質は適応的だった」とする理由がないと思いま
すが。
なぜ化石種では、全ての形質は適応的だったとするんでしょうか？
中立なもの、非適応的なものさえ進化しえるとNATROMさんはされているんでしょう？
>ほとんど体全体の器官で発現している遺伝子もありますが、その場合、体全体を形質とすべきですか？
体全体を形質とすべき？
どういう意味での質問なのか理解に苦しみます。以下のレスがNATROMさんの意図に合うものか
どうか自信がないのですが、一応。
体全体で発現している遺伝子というので私がすぐ思いつくのは、体の大きさです。
大きさというのがまだ不明確なら、体積でもいいです。
体積というのは、たぶん多数の遺伝子が関与しているでしょうし、また全部が遺伝によるもの
でもないでしょう。しかし、一部遺伝によるのは間違いない。ですから、私の定義で言えば、
体の体積は形質です。また、NATROMさんの定義でも形質になると思いますが。
>河田が「進化論の見方」で皮肉っているのも河田が作り上げたカリカチュアでしょうか？
たぶん河田が作り上げたカリカチュアじゃなく、別の人のものでしょう。
ただし、パンダの下肢の種子骨というのは、NATROMさんが作ったカリカチュアです。
>ちなみに河田は「現在の性質すべて自然選択によって形成されたものではない」と言っていますが、JA50さんはどうお考えでしょうか。
もちろん、尊重します。
ただし、別のことを言っている専門家（例えばトリバース）もいる。そのどちらの言をとるか
は私が判断するしかありません。
>形質の定義は「表現型として現れる各種の遺伝的性質」です。その定義にそったものが形質と言ってよいのではないでしょうか。
で、その形質の中で、適応的なものは自然選択説で進化したとし、そうじゃない中立とか非適
応的なものは、別のメカニズム（例えばランダムドリフト説など）で進化したとする、という
のがNATROMさんの解釈（で、いいですよね？）。
>また、お答えがないようですが、現代日本の少子化、あるいは子どもを1人以下しかもたないという個人の性質は形質なのでしょうか？
いくら子供を持つかという性質が形質で、その中で持っている子供の数に個体差がある。それ
が変異。最初、これが不明確（というより私の理解不足）だったと思います。
>もし、形質でないとすれば、少子化を自然選択説が説明できないからといって、自然選択説の反証になったり、動物行動学が意味を持たないことになるのでしょうか？
問題は、なぜこれほど非適応的な変異が多いのかです。
いくら子供を持つかというのも、適応的だから進化してきたはずです（万能論者ですので、こ
う考える）。それなら、適応度を最大化するように、多くの人は行動するはずです。
にもかかわらず、そうしていない（子供を少ししか産まない人が多い）。
その自然選択説上の説明ができないとしたら、それは反証例だと思います。
動物行動学が意味を持たないか、という問いの意味がよく理解できません。
ただ、行動様式というのが、中立とか非適応的なものも進化しえるというのであれば、こうい
う適応的な意味を動物行動に見ようとする研究は無意味になると言えるとは思います。
>私にとってはごく単純な論理的帰結ですが、わからないと言われればそれまでですから。
単純な論理的帰結、、、
どうレスしていいか分かりません。
>JA50さんの主張は「分子進化の中立説によれば、淘汰係数sが負の突然変異遺伝子も集団に固定することがあるという。だけれど、その突然変異遺伝子は数が増えたから固定したんのだ。数が増えたのに適応度がマイナスとは、さっぱり理解できない」というのと同義でである、というのが私が言いたかったことです。
同義であるとしていいんでしょうか、何度も言っていますが。
中立説を表現型レベルの進化に適用するのは慎重であるべきですよ。
適用できる保証はないんですから。
専門家が、それも数理生物学に詳しい人が、きちんと数学的にできると証明したり、あるいは
実際に実験や観察で、中立説が表現型レベルの進化に適用できると証明したんなら、同義とし
ていいとは思いますが、そういうのがあるんですか？
>ただ一回の試行から、色覚異常や、ある突然変異遺伝子の適応度が高いとか低いとかは言えません。もう一度試行を行えば別の結果になることもあるからです。
そうでしょうね。
その他にも、集団が違えば適応度も違う可能性がある。
瓶首効果ですが、私がイメージしているのは、ある変異（血液型でも花の色でもいいです）が
その集団に極端に多いような現象です。
これもその集団で見れば、遺伝子頻度の変化ですから、広い意味でも進化なんでしょうけど。
そして、ある集団には、そういう変異の中である変異のみになってしまうという極端なことも
起こりえるかもしれません（ただしそういう実例を思い浮かびませんが）。
しかし、これがどうして適応的な形質（私の言う形質です、「大きいこと」というようなのを
形質にされたらどうしようもない）のみが進化しえるということの反例なのか理解できないの
ですが。
思考実験ですが、そもそもそういう例にNesがどうのというような式を適用していいのかどうか
疑問です（分子進化と表現型進化は支配している法則が違うという、私が何度も言っていること）。
また、それ以外にもいろいろ疑問があります。
例えば、そのｓはどうやって計ったのでしょうか？
何のｓなんでしょう？
それらの島はそれぞれ隔離されているとしたら（これはそれぞれが別集団か、という意味です）
１００個体しかない集団で計ったｓというのはどれほどの誤差を含んでいるんでしょう？
それで、Nesがどうのというのに意味があるのだろうか？
さらに、赤い花ばかりになった島で赤い花の淘汰値を計ったら０以下になるというのがあり得
るんでしょうか？
それとも青い花ばかりになった島で計った淘汰値で、赤い花ばかりになった島のことをあれこ
れ言っているのですか？
青い花ばかりになった島と赤い花ばかりになった島におけるそれぞれの淘汰値は、たぶん違う
値を示すと思うのですが。
逆に、隔離が成立していないとしたら、１００×１００００個体の集団で淘汰値を計るのも意
味はあると思いますが、その時には、どちらかに統一すべきです。ある時（この思考実験では
島ごとの花の色）は島ごとで言い、別の場合（淘汰値）は全集団でいいというのはナンセンス
じゃないでしょうか。
自然選択説とは何か、というので、私は形質の進化を説明するものだと考えているんですが、
NATROMさんはその適用範囲を限定していると思うのです。ＰＤＸ．さんはさらに適用範囲を限
定しているように見えます。
>生物の形質の時間的変化に、ある種の方向性（最適化とか、退化
>であるとか）があるように見える理由の説明の仮説、という程度に
>考えています。
>『変化を伴う由来』としての「進化」には本来方向性がないけれど、
>自然選択の存在により方向性が与えられることで方向性が与えられて
>「向上」しているように見える。
と、こう書かれているんですが、印象としては上記のように受けます。ただ、まだよく理解で
きない。
「進化に方向性があるように見える理由の説明」というのについてですが、安定化淘汰の場合
はどう考えるわけですか？
方向性淘汰や分断性淘汰の場合は、進化に方向性があるように見えると思うのですが、安定化
淘汰ではその方向性が無いように思います。それとも、ある一点に留まるというのも一種の方
向性とするんでしょうか？
>役に立つ時点で自然選択がかかるわけですから中立ではなくなります。
もちろんそうでしょう。
私の疑問の意図をどうもうまく表現できない、、、
非万能論では、単なる突起が進化するのに、それが「役に立っている」必要はないと思うので
す。
役に立っていたら、もちろんそれに自然選択がかかるのは当然ですが、それが役に立っていた
のかどうか、化石種では調べようがありません。
たぶん、熱交換機として役立っていたんだろうと推測するしかない。
万能論者としては、役立っていないと困りますので（中立とか非適応的な形質が進化すること
はないというのが万能論ですから）、熱交換機として役立っていたんだろうというような推測
をおいて自然選択説で翅の進化の説明をします。
ＰＤＸ．さんは、何の役にも立っていなくても（つまり中立的な形質であっても）、突起が進
化しえると考えているんですよね？
もちろんそれは自然選択で進化したのではなく、別の進化のメカニズム（これが何かは分かり
ません、NATROMさんの言われるランダムドリフト進化説みたいなものか）によるのでしょうが。
そして、もしその突起が役に立っていなければ、中立的な形質でも進化しえる（ただしこれは
自然選択説では説明できない）と言い、もし何かの役に立っておれば「役立つ時点で自然選択
がかかる」として自然選択説で説明する。
こういう理解でいいでしょうか？
>そういう意味では、適応度が１に近く非常にゆっくりと消えつつある
>（しかし観察される程度には集団中に数が認められる）形質がみつかっ
>た場合、『非適応的な形質が見つかったから自然選択説は反証された』
>なんて言うんですか？
>１万年もすればその形質は残っていないかもしれませんが、現在は残っ
>ている、という見方ができてしまうわけで、いつまでたっても固定され
>た形質なんて観測できない気がいたしますが。
私も多型というのをよく理解していないので、以下のことは頓珍漢なレスかもしれないのです
が、この部分は形質と変異の混同（もちろん私から見てです）および固定と多型の混同がある
ように思えます。
ある形質が消えていく状態にある場合には、その形質がちょっと退化した変異（この言葉が悪
ければちょっと小さいというのでいいです）とそうじゃない変異とで適応度を比べたら、ちょ
っと退化した変異の方が１より小さいと考えられます。
それが長期間続けば、その形質はついには消えてしまうでしょう（というのが万能論者の自然
選択説を用いた説明）。
そして、消えてしまった状態をさして固定したとしますが、まだその形質を残しているのが何
％かいるというような場合には多型と言うと思います。先祖帰りみたいにその形質を保持して
いる個体がまだ３０％残っているとか（なお対立遺伝子の場合には９９％以上を占めたら固定
とするとかいう定義を読んだ記憶があります、しかし形質の場合はどうするのかまた量的な変
異の場合はどうするんだというような疑問も持っているんですが、とにかくここらのことはよ
く理解できていない）。
なお、どちらも適応度が１だったり、環境次第で適応度が増えたり減ったり、突然変異によっ
て常に新たな供給があったりなど、いろいろな理由でいつまでたっても多型を維持していると
いうのもあると思います。
>遺伝子としては独立はしているけど、同じ染色体に抱きあわされてし
>まっているから、一緒に遺伝する確率は高くなりますよね？
もちろんそうでしょう。
これを「引きずられる」ということの実例とされているんですか？
＞とらいせら中村さん
＞歩くか走るかする。そうすれば、身体は浮き上がる・・・・かなぁ。
＞そうやって舞い上がるのに十分なくらいの翼面積を持ってたと思います。
＞素人なんで計算はできませんが。
浮き上がるとは思いますが、上昇気流がない限り、はばたくか何とかしてスピード出さないと落ちます。よっぽど風の強い恵まれたときでないと無理・・・・でもそれこそ指が折れそう(^^;。
平地から飛び上がれるハンググライダ−も在りませんよね。で、僕は高いところから飛び降りてたと思います。それか、山の斜面を駆け下りてたか。
＞あと、あそこまで巨大な翼竜は、翼竜としてはむしろ例外なんですよ。
それは知ってますし、翼竜が飛べなかったとは言ってません。
翼竜にしろ雷竜にしろ、最大サイズが大きすぎるのを問題視してるだけです。
でも、指の骨が折れそうだって事には変わりはないか・・・。
あと、あそこまで巨大な翼竜は、翼竜としてはむしろ例外なんですよ。
＞ナムニーさん
風に向かって翼、というか皮膜を広げ、
歩くか走るかする。そうすれば、身体は浮き上がる・・・・かなぁ。
そうやって舞い上がるのに十分なくらいの翼面積を持ってたと思います。
素人なんで計算はできませんが。
あと、翼竜の皮膜は、縦横に繊維状の組織があり、結構丈夫だったらしいです。
それと、細かい事ですが、皮膜を支えていたのは小指（第５指）ではなく、薬指
（第４指）です。
＞とらいせら中村さん
ひとまず上昇気流の在るところまでは、自力で飛ばなくてはいけないのでは？＜特に平地に着陸してしまった時凧のように離陸できたとしても。
あと、はばたきに耐えられない弱い羽で（小指の骨一本で支えてましたよね)、下手に横風や突風を受けたら折れそうだなと。
＞それだけ滑空に頼った動物だ
そう思います。
骨は明日地元の博物館にいってみます（週休一日)。地元になければまた今度東京行ったときにでも。
＞ナムニーさん
＞そんなに弱い羽でよく飛べていたな
「離陸時の」と言ったじゃないですか。離陸さえすれば、
あとは非常にゆったりとした羽ばたきで何とかなるんじゃないですか？
それだけ滑空に頼った動物だ、と言うことです。
蛇足
羽ばたいて飛ぶのと、滑空するのと、どちらがエネルギーを節約できるかというと、
やはり滑空でしょうな。
大型翼竜は、長距離の飛行に特化した生物だったのかも。
そういった生態的地位に，当時の鳥が進出してなかったから、最後の手段って感じで、
そういう生き方をしてみたりして。
大型翼竜は、白亜紀後期の地層のみから発見されてます。
小型のままだったのは、鳥との競争に敗れたのかなぁ。哀愁を誘うなぁ。
あと、ホネは見てきましたか？ナムニーさん。
＞クリスさんへ
＞結論は？
出ていれば困りません(^^;
まあ思いっきり個人的な考えですが、
＞翼竜が空を飛んでいたなどということはない。
あの形態で飛んでいなかったと考えるのは不自然
＞翼竜はグライダーのように滑空していた。
これはそうでしょう。しかし、それにしては重過ぎると。
＞翼竜などいなかった。（化石は作り物である）
＞進化論など嘘っぱちである。
科学を志す人間の考え方ではないと思います。
＞当時の地球は今より重力が小さかったか、気圧が高かった。
NATROMさんへのレスにもなりますが、
重力定数の変化は、宇宙論の方で否定する論文が10年ほど前に出てます。というか、重力定数がころころ変わると地球と太陽の距離もころころ変わってしまうのでは？地球上だけにしても(そんなことはありえないですが)、地球からの脱出速度が変わってしまうことに等しいので重力定数が小さくなったりすると大量の大気が宇宙に逃げてしまうはず。
ということで、圧力かなというところです。
＞NATROMさん
多分その本は読んだことがあります(^^;
結論はいただけませんが、恐竜の体重に関するその途中の論理は結構考えさせられるものがありました。
そう言うトンでも理論でいいなら僕も一つ。
気圧が500気圧もあれば(酸素分圧はおんなじ)浮力で恐竜の体重は半分になる！
重力定数よりはましですよね？
＞創造論者の誤解 投稿者：ONDK 投稿日：10月 5日(木)17時06分50秒
＞創造論者の本などには、中間種の誤解とか、原人の誤解とか色々あると思いますが、
＞その誤解と正しい解釈のリストを新たに作ってもらえませんか?
中間種についてはそのうちやろうと思っていましたので、最近の中間種に関する議論は参考になりました。Q&Aですこしだけ中間種について触れていますが、字数制限のために不正確なものとなっています（カモノハシや始祖鳥は厳密には中間種ではない）。本腰をいれてやるべきですね。ただ、私の言う「そのうち」はあてにならないことが多いので、あまり期待せずに待っていてください。
＞見っけ 投稿者：クハ７２ 投稿日：10月 6日(金)23時50分09秒
＞↓のサイトからリンクされてますね。そのうちと学会から推薦されるかも(笑)。
クハ72さん、ありがとうございました。自分のサイトがリンクされているというのはうれしいものですねえ。 このサイトの恐竜と人の足跡に関する考察は参考になります。それにしても、と学会はなかなか新刊を出しませんね。
＞最近の翼竜論争
「翼竜が空を飛んでいたことなどありえない」から、「グライダー滑空」でもなく、「過去の大気圧は高かった」でもなく、過去の重力定数は現在よりも小さな値だったという結論を導いていたトンデモ本を見たことがあります。う〜ん、素敵。（これなら、翼竜以外の巨大な爬虫類も説明可能だ！）
＞問題なのは、最大の翼竜の推定体重が、この2倍も3倍も（アホウドリの5倍も6倍も）あったということです。
で、結論は？
翼竜が空を飛んでいたなどということはない。
翼竜はグライダーのように滑空していた。
翼竜などいなかった。（化石は作り物である）
当時の地球は今より重力が小さかったか、気圧が高かった。
進化論など嘘っぱちである。
のどれかなんでしょうか？
>とらいせら中村さん
首も結構細いですよ。博物館で見た限りでは。まあ、それはいいですが、
＞離陸時の羽ばたきに、奴等の骨格が耐えきれますかな？
そんなに弱い羽でよく飛べていたなと言うのも僕の疑問の一つです。
＞クリスさん
＞彼らの生態と近いのではないでしょうか？あくまで想像ですが。
実際飛んでいたんでしょうし恐らくそうでしょう。
今飛べる鳥で一番重いのはアホウドリですよね。それでも、限界体重の半分以下のはずですが、
問題なのは、最大の翼竜の推定体重が、この2倍も3倍も（アホウドリの5倍も6倍も）あったということです。
＞着陸してえっちらおっちらと大きな羽をもてあましながら高いところに登っていくのでは、途中で襲われてアウトでしょうという程度の意味です。で、あの体重以上でははばたきで体は持ち上がらないと。あまり高い機動もできたとは思えませんが、どうやって餌を取ったんでしょうね。
生物地球紀行で見たんですが、こういう鳥（自力では離陸できないしほとんど羽ばたけない）は現在も存在しますよね？彼らの生態と近いのではないでしょうか？あくまで想像ですが。
近藤さん。
＞浮力は下からの圧力と上からの圧力の差から生じているそうですが、では、底についた状態では下からの圧力はないんじゃないですか？そうなると、浮力がなくなってしまうんですか？
正確に表現すると「浮力は単位体積当りの質量（つまり比重）にかかる重力の差による見かけ上の力」ということになると思います。
沈んでいく物体にもマイナスの浮力が掛かっているのだと考えると理解しやすいでしょう。
力というのは全て方向と強さを持ったベクトルで表されるのですから。
それから底についた状態でももちろん浮力は存在します。
お風呂の底に木片を沈めてみれば、簡単に実験できます。何事も実体験から考えるのが一番でしょう。
たしかに、あの貧弱な脚で獲物をかっさらうことは不可能だと思いますが，
大型の翼竜ともなれば、嘴を使って、小魚を掬い上げることは、十分可能だった
はずです。
それと、離陸時の羽ばたきに、奴等の骨格が耐えきれますかな？
＞それぞれ自分の理解しているのが一般的に理解されている用語法だと思っているかもしれません。
同じ用語でも研究分野やアプローチする方向がかなり離れている場合違いがあるようですね。
しかし、同じ場で議論する以上、同じ理解で扱うように努力すべきと思います。
＞形質と変異を区別しないと自然選択説はワケワカメになってしまうと思います。
ワケワカメ？なんですかそれ？
＞それは進化を「集団中の遺伝子頻度が時間とともに変化すること」という定義でのものでしょう。
そしてそれによって生物の形態も変化するのです。それが進化の定義でしょう？
＞私が言っているのは、自然選択では適応的な形質のみが進化しえるという進化のことです。
JA50さんの形質というのは、線引き次第なのでむずかしいのです。
ともかく、生物には環境による影響（選択）と偶然による確率（浮動）が同時に働いています。小さな集団では偶然による確率はより大きく働きます。例えば、たまたま偶然に起こる事故などで死ぬことが、小さな集団では形質の頻度に影響します。適応的な形質を持った個体もその数が少ない場合、偶然によって消えてしまうこともあります。（新しい変異が発生するときは数が少ないのは想像つくでしょう？）
ここで困るのです。JA50さん流だと適応的形質がどのように作られるか、うまく説明できませんから。
＞「進化と人間行動」p35
＞自然淘汰とは、集団中における遺伝子頻度の変化を指すわけですから、注目しているのは、個体ではなく遺伝子です。
と書いてありますが、J氏はどう答えてくれるのでしょうか？
＞へちさん
確かその変異は種を越えて存在している奴でしたよね。
「のみ」に赤字を指定したはずが、ｆｏｎｔのサイズを変えてしまったみたいです。読みにくくして申し訳ありません。
しかしこれだけ多くの人にレスなさる、ＪＡ５０さんの労力には本当に頭のさがる思いです（決して皮肉ではありませんよ）。
私は、数学や生物全然詳しくは無いのですが、仕事柄数学的なモデルを良く使います。数学的なモデルを作成する場合、要因の全てをモデルに組み込むことは、多くの場合不可能ですので、モデルに組み込むことの出来ない要因を一まとめにして、架空の要因（数学的には因子と呼ばれます）としてモデルに組み込むことは、ごく一般的に用いられます。
淘汰係数は、そういった類の因子では無いかと想像しています。因子は、あくまでさまざまな要因の総和（あるいは部分の和）として想定されるのものですから、一つの形質−ＮＡＴＲＯＭさんが例に出された花の色にしても−例えば赤だから淘汰係数は０．５、青だから淘汰係数はー０．１といった風には、直接計測できないはずです。
では、どうやって淘汰係数をもとめるかといえば、実際の実験結果残った花の数から、「このモデルが正しいとすると、この花の色の淘汰係数は、０．１であるはずだ」、となるわけです。そうなると、「モデルが正しいとすれば、この遺伝子を持った固体が増えたのだから、淘汰係数が負のはずがない」、といった結論も導かれることがあります。
しかし、ここで求められた淘汰係数は、実験の度にある程度のばらつきを示すはずです。反復実験の行える性質のものであれば、それでも一定の誤差の範囲で平均に収束する値を求めることは出来ますが、多くの場合は不可能でしょう。またＪＡ５０さんのおっしゃってる内容から、遺伝子の固定確率のモデルは単独の遺伝子or変異にのみ適用できるようですが、実際の生物の固体で１つの変異以外の形質は全て同じ固体を集めることは、よっぽど単純な生物以外不可能だと思われます。
そこで、計量的な結果のみからではなく、定性的な面からその遺伝子の淘汰係数を、対立する遺伝子との比較で定性的に考えることが重要になります。「この形質は、この種の現在（または過去の）置かれている状況から、適応的と考えるべきか、非適応的と考えるべきか」と、いったことで、絶えず生物学者が研究し続けていることだと思います。そういった研究を経た上で、「この形質は、この固体の過去と現在の環境を考慮に入れても、異なる形質との比較の上では中立またはわずかに非適応的だとしか思えないが、実際には広まっている」と、いう事実が存在するということではないでしょうか。
あと既に他の方が指摘された、純粋に論理学の側面ですが；
自然選択説を「有利な変異のみ が広まる」と定義した場合、確かに「広まっているが有利では無い変異も存在する」ことは、自然選択説の反証になります。しかし「全ての有利な変異は広まる」と定義した場合の反証は、「広まらなかった変異の中に有利なものがあった」（対偶の否定）になるのではなかったでしたっけ。「不利な変異も広がる」（裏）も、「広がる変異は有利である」（逆）も、元の命題の真偽を判定するのには、役に立たないはずでしたよね？
Re:>そう言われてもなあ・・・＞へちさん 投稿者：JA50 投稿日： 8月17日(木)19時24分39秒
＞いえ、まともに答えたというのならそれで結構です。
＞そういうお方としておつきあいさせていただきます。
＞そうそう、へちさんは自分の基準としてこう言われていますね。
＞>客観的にみて合理性があるか、論理的に誤りがないか、と言う単純なものです。
＞ここの「合理性があるか、論理的に誤りがないか」というのは誰が判断するんですか？
＞へちさんの基準だからへちさんが判断するのだと推測しますが、それだと全部の権威が
＞へちさんにあることになりますね。つまり「自分の判断＝権威としているような気がし
＞ます」と。
＞そういえば、へちさんは、木村の文をさして、悪いとかなんとか言われていたなぁ。
＞それをこれ幸いとクリスさんは、読み間違えたのは読み間違えた方に責任があるのじゃ
＞なく、そんな書き方をした方に責任があると言わんばかりのことを書いていた。
＞まぁ、クリスさんの失敗を取り繕うにはこの手しかないでしょうから、しかたないとは
＞思っていたのですが、これも「自分の判断＝権威」としているお方なら、しかたないと
＞いうより至極当然な態度と言うべきかもしれないですね。
＞なお私は、自分の判断より、その分野における研究者の判断の方を尊重します。
＞自分の今までの判断や知識と反することを、その分野で重んじられている研究者が述べ
＞ておられたら、たぶん私の方が間違っているのだろうとします。
布山さんのＨＰについてのＪ氏の態度は？
Re:質問１＞無神論者さん 投稿者：JA50 投稿日： 8月 7日(月)16時48分24秒
＞ある器管（目など）とか行動様式（光に近づくというような）が形質であって、その形
＞質の集団内における個体間の違いが変異というように私は理解しています。
＞そしてこの変異の内、非適応的なものは淘汰され集団より消えていき、適応的なものだ
＞けが拡がり固定していく、というのが自然選択説だと私は考えていますので、この自然
＞選択の結果として進化（適応的な変異の蓄積という意味で）してきた形質というのが非
＞適応的なものであるはずがない。あればそれは自然選択説の反証例となると。
＞ですから、ある器管や行動様式がその個体の適応度を下げているとしたら、その器管や
＞行動様式は自然選択説の反証例になり得る。ただし、これだけではなり得ると言えるだ
＞けです。新たな環境の出来や、新たな生物の流入などで、それまでの適応的な形質が非
＞適応的なものになる可能性があります。ですから、反証例だとするためには過去におい
＞ても非適応的であったことを証明しないといけない。
＞私が中立な「形質」というのでイメージしたのは、何の役にも立たない器管や行動様式
＞です。役にも立たないというのは、それがあっても子孫の増加に役立たないという意味
＞です。そのような器管や行動様式が進化し得るとか、さらに有害であっても進化し得る
＞と自然選択説は最近変わったのだというクリスさんの主張は、前段のような理解をして
＞いる者にすれば驚き以外の何ものでもないというのが分かっていただけるでしょうか。
Re:親集合＞クリスさん 投稿者：JA50 投稿日： 8月 8日(火)16時17分33秒
＞肝臓とか心臓という器管が形質であることは誰もが認めると思います。
＞それらが遺伝子によって作られているのは間違いないんですから、（遺伝する）形質で
＞あるのは明かです。
Ｊ氏の「形質」についての定義は、これ以降ずっとこの線で語られて
いたはずだが．．．（特に下のは笑える）。
ちなみに下から３行目、誰も同意してないよ（ただ、完全に間違いだと
も言わんけどね）。
「器管」などという日本語もない。
>PepperMystさん
>ティラノはそもそも自分より大きな恐竜を食べてたのか？
こればかりはわかりません。糞を調べても生肉食べていたのか屍肉を食べていたのかはわからないでしょうし。餌の種類の特定もほとんど不可能では？
ま、よくトリケラトプスとティラノサウルスと向かい合っている絵が描かれていますが、あれの原因は、トリケラトプスの首の周りのえら？にティラノのものと思われる歯形が残っていたからですよね。あのあたりを調べてみて、傷ついた後生きていたらしいと言えるのなら、ティラノサウルスはより大きい恐竜に襲い掛かっていたといえるのではないでしょうか。ただ、化石でそれがわかるかどうかは･･･？
＞とらいせら中村さん
別に着陸に失敗するとは言ってませんよ。着陸してえっちらおっちらと大きな羽をもてあましながら高いところに登っていくのでは、途中で襲われてアウトでしょうという程度の意味です。
で、あの体重以上でははばたきで体は持ち上がらないと。あまり高い機動もできたとは思えませんが、どうやって餌を取ったんでしょうね。自分で飛び上がれない体で地上の動物を足で掻っ攫うのは無茶だと思うし（スピードが遅ければ、重量過多で落っこちるだろうし、スピードが速ければモーメントの関係で頭っから地面に突っ込みそう)、魚にしても水に足を突っ込めば似たようなものじゃ･･･。意外と菜食？それとも虫食？
例の遺伝子の固定確率の式は、遺伝子の本体がDNAであることが証明されるよりも前にできたものです。
ですから、当然あの式はもともと表現型を対象としたもののはずなんですが、いつの間に分子進化の式になってしまったのでしょうか・・・
それと、
>それと、私は万能論者です。「中立な形質」などというのは、あれば自然選択説の反証だと言っています。
普通の万能論者とJA50さんは自然選択の定義が違いますよ。
普通の万能論者は「中立な形質」などというのは、あれば進化がすべて(普通の解釈の)自然選択説で説明できることの反証だと言っています。
普通の万能論者は決して中立な形質の存在が自然選択説の反証になるなどとは考えていません。
>その形成に遺伝子が一部関与している器管（これを広い意味にとってください、医学的な意味
>の器管という狭い意味じゃなく、形態一般とかいうくらいの）や行動様式（これも広い意味で
>お願いします、機能とかも含む）です。この定義に入るかどうかで決めます。
ということは、例えば細胞の表面に存在する糖鎖も形質ということですね。
例えば、ある特有の糖鎖を作る遺伝子があるとした場合、これを仮にA型形質と呼びましょう。
このA型形質を持つ人と別の種類の糖鎖を作る遺伝子（仮にB型形質とします）を持つ人とを比較して、もしこの２つの適応度に差がなければA型形質は中立形質であり、(JA50流)自然選択説の反証になるんですよね。
どなたかこのような例を知らないでしょうか？
知っていたらぜひ教えてください。(JA50流)自然選択説の反証になります。
あ、別に必ずしも別の種類を持つ人と比較しなければいけない理由はありませんね。
その形質を持たない人（仮にO型形質と呼びます）と比較してもいいんですよね。
↓のサイトからリンクされてますね。そのうちと学会から推薦されるかも(笑)。
＞ナムニーさん
ハンググライダーって、着陸したら一巻の終わりですか？
いや、ハンググライダーは生物じゃないけどさ。
翼竜にはちゃんと脚もついているし、大きな翼のおかげで、
結構ゆっくりと着陸できたと思う。
あと、小型種は羽ばたき飛行が出来たのではないか、と
思います。
大型種も、現在の鳥と比べれば非常にゆっくりとですが、
羽ばたきが出来たはずです。いくらなんでも、それくらいの
筋肉はあったでしょう。
蛇足
プテラノドンなんかの大型翼竜は、風に向かって羽を広げるだけで
飛べたなんて説もあるんだそうです。
To JA50さん
＞>生物の形質の時間的変化に、ある種の方向性（最適化とか、退化
＞>であるとか）があるように見える理由の説明の仮説、という程度に
＞>考えています。
＞ じゃ、自然選択説をある形質が進化したという根拠には使えないということに？
＞ でもこれって、ＰＤＸ．さんの意図を私は読み違えているんでしょうね。
『変化を伴う由来』としての「進化」には本来方向性がないけれど、
自然選択の存在により方向性が与えられることで方向性が与えられて
「向上」しているように見える。とでも言い換えれば少しは判ってい
ただけるかなぁ…。
＞ 昆虫の翅も最初は単なる突起だったでしょうから、飛ぶ役には立
＞たなかったことは確実ですが、それでも熱交換機としての機能は持っ
＞ていたでしょう、、、ん？、これを、非万能論者はどう説明するん
＞だろう、、
役に立つ時点で自然選択がかかるわけですから中立ではなくなります。
以上。
＞ ただし、この形質は、私からすれば変異です。
＞ ですから、不利な変異は次第に消えていくと言い換えます。適応度の
＞非常に低い変異は急速に、１に近いものはゆっくりと。逆に１より高い
＞ものは次第に増えていく。
そういう意味では、適応度が１に近く非常にゆっくりと消えつつある
（しかし観察される程度には集団中に数が認められる）形質がみつかっ
た場合、『非適応的な形質が見つかったから自然選択説は反証された』
なんて言うんですか？
１万年もすればその形質は残っていないかもしれませんが、現在は残っ
ている、という見方ができてしまうわけで、いつまでたっても固定され
た形質なんて観測できない気がいたしますが。
＞>たまたま同じ染色体に乗ってしまった場合ですとかも想定しています。
＞ 独立の法則だったかな、それが成り立たない場合の話ですか？
独立の法則は、２つの遺伝子が異なる染色体に乗っている時は理屈ど
おりに語れますが、同じ染色体に乗ってしまった時は補正が必要ではな
いでしょうか？
遺伝子としては独立はしているけど、同じ染色体に抱きあわされてし
まっているから、一緒に遺伝する確率は高くなりますよね？
＞これこれに役立っていたんだろう、それで進化したんだろうというようなやり方をす
＞るのは万能論者なら許されるが、非万能論者はそういうわけにはいかないですから。
なぜ？「これこれは役立っていたに違いない。なぜならすべての形質は適応的だったからだ」と結論づけることは許されませんが。
＞NATROMさんの仮定でいくなら（下肢の種子骨の大きいことを形質とし、それが上肢の種
＞子骨を大きくする遺伝子で支配されているという仮定のことです）、上肢と下肢の種子骨両者
＞を一緒にして形質とすべきだと思います。
ほとんど体全体の器官で発現している遺伝子もありますが、その場合、体全体を形質とすべきですか？
＞NATROMさんが勝手に作り上げたカリカチュアです。
河田が「進化論の見方」で皮肉っているのも河田が作り上げたカリカチュアでしょうか？ちなみに河田は「現在の性質すべて自然選択によって形成されたものではない」と言っていますが、JA50さんはどうお考えでしょうか。
＞ところで非万能論者は、あるものが形質であるかどうか、どうやって決めるのですか？
形質の定義は「表現型として現れる各種の遺伝的性質」です。その定義にそったものが形質と言ってよいのではないでしょうか。
また、お答えがないようですが、現代日本の少子化、あるいは子どもを1人以下しかもたないという個人の性質は形質なのでしょうか？もし、形質でないとすれば、少子化を自然選択説が説明できないからといって、自然選択説の反証になったり、動物行動学が意味を持たないことになるのでしょうか？
＃過去ログはなるべく早くアップしますが、議論中の方は各自保管しておくことをお勧めします。
＞>「単純なメンデル遺伝形式を示す表現型については、遺伝子の固定確率の式が適用できる」という主張になにか他に反論はありますか？
＞具体的な反論はできません。
＞私は適用できるというのには同意できません。ただし、なぜいけないのかというのは分か
＞りません。
ならばそれでよいです。私にとってはごく単純な論理的帰結ですが、わからないと言われればそれまでですから。
＞う〜む、さて、、、
＞まじめに答えるべきなのか。
＞どういう意図で、こういう書き方をされたのか、ですね。
JA50さんは、「色覚異常の個体が増えているのに、その適応度が低いとはさっぱりわからない」とおっしゃっておられましたが、私は本当はJA50さんはわかっておられると思ったのでこういう書き方をしました。予想される反論に対して言及することも誤解を与えていたようなので、これからはわかりやすい言い方を心掛けます。
JA50さんの主張は「分子進化の中立説によれば、淘汰係数sが負の突然変異遺伝子も集団に固定することがあるという。だけれど、その突然変異遺伝子は数が増えたから固定したんのだ。数が増えたのに適応度がマイナスとは、さっぱり理解できない」というのと同義でである、というのが私が言いたかったことです。ただ一回の試行から、色覚異常や、ある突然変異遺伝子の適応度が高いとか低いとかは言えません。もう一度試行を行えば別の結果になることもあるからです。
＞>「中立とみなし得る程度の弱い非適応的な表現型が集団に固定することがある」ことには同意されるのですか？
＞いや、たぶんないだろうと思います。
「適応的な意味がないとなれば、瓶首効果のような歴史がその民族に起こった可能性を探ることになります」とJA50さんはおっしゃいました。これは「瓶首効果のような歴史がその民族に起こったのであれば、適応的な意味のない表現型が集団に固定することもある」ということではないですか？違うのであれば、いったいどういう意味なのでしょうか？
ここで一つ思考実験をしましょう。ある隔離された、環境がまったく同一の島々が10000個あるとします。それぞれの島に、青い花の色という表現型をもつ花と、赤い花の色という表現型をもつ花をそれぞれ50株ずつ植えます。狭い島なので、一つの島には最高100株の花しか生育できません。もし花の色が生存率に影響しないのであれば、十分な時間が経った後には、約5000個の島では青い花が固定し、約5000個の島では赤い花が固定しているでしょう。では、青い花が赤い花よりもちょっぴり生存率がよかったとしたらどうなるでしょうか。10000個の島すべてが青い花ばかりになるでしょうか。それとも赤い花が勝利を占める島もあるでしょうか。私は、「中立とみなし得る程度の弱い非適応的な表現型（つまり赤い花）が集団に固定する」こともあると考えます。JA50さんはどうお考えでしょうか。
私は、赤い花がどのくらい勝利をおさめることができるのかは、青い花と比較した生存率の差（淘汰係数s）、また島に許される花の数（有効な集団の大きさNe）に依存すると考えます。Ne×sが-1以上であれば、赤い花が勝利をおさめる島もあると予想します。私の友人であれば、赤い花が勝利した島を見て、「この島では赤い花が増えたのに、赤い花のsが0以下であるとはさっぱり理解できない」というでしょうが。
ＰＤＸ．さん>
> 鉄の船の
> 鉄の部分「だけ」の密度の差ではなく、鉄の船全体の体積（空洞部
> 含む）と全体の重量（空洞部含む）から密度を算出して下さい。
それだけでは駄目で、水面下は水の密度との差、それ以外は空気の密度の差と
比べなければいけません。
問題はなぜそう考えなければならないのか、鉄の部分だけを考えてはなぜいけないのか、
現実には存在しない水面が効いてくるのはなぜなのか、
圧力を使わずには簡単に説明できないということです。
浅い水路で船がふさいでいて船の両側で水面の高さが違うときとか、
海水と淡水の境にある船とか、まわりを鉄のブロックで囲まれた木のブロックとか、
密度だけでは計算しようがないケースは存在します。
しかし圧力はどんな場合でも計算できます。
おおざっぱに言えば、圧力による説明は原理のようなもの、密度差による説明は公式のようなものです。
ナムニーさん>
> ティラノサウルスの体重とアフリカ象の体重は同じくらいのはずです。だから今の肉食中、草食獣の比較をしても草食恐竜は象より相当重くても、逃げなきゃいけなかったでしょう。
私が疑問に思ったのは、
ティラノはそもそも自分より大きな恐竜を食べてたのか？
象より大きな草食恐竜で、逃げるスピードを武器にする馬のような恐竜はいたのか？
ということです。
それから、恐竜は爬虫類だから、成熟後も成長を続けたとすると、
卵を何度も産んだ老齢個体が生きられなくても何も問題ないことになります。
>ＪＡ５０さんの言われる適応度は前者であり、ＮＡＴＲＯＭさんの言われる適応度は後者です。食い違うことは充分あります。
ここをもっと詳しくお願いします。
分子進化で、ｓが負なのに増加するのは、数学モデルの方程式が分からないと説明できないと
思っていました。こんなのはとてもじゃないが私には無理と諦めていました。
>ある固体にＡとＢという二つの変異が生じ、Ａは適応度を高める変異。Ｂは適応度に関して中立な変異だったとします。この場合、Ｂは中立であるにもかかわらず、Ａに付随する形で増えていくのではないでしょうか。
この場合には、Ｂの適応度ってのいうのが計られるのか、、、
本来、Ｂの適応度というのは、それ以外の変異は皆同じで、Ｂという変異があるのとないので
計るもののはずです。
しかし、それができないとしたら、いったいどうしらたいいんでしょう？
Ｂの独立な適応度を統計的に求めるというようなことをしないといけないのかもしれません。
ただ、ここらになると私の数学的能力を越えます。
>集団が十分に大きく、その中立的な変異が単独で存在した場合はそうでしょうね。
いえ、十分大きかろうが、増えたり減ったりはすると思います。
遺伝子頻度は、特にそれが中立な突然変異遺伝子であれば、偶然によって増えたり減ったりす
るんじゃないですか。
集団が十分に大きくという条件がつくのは、それが固定するかどうかについてのはず。
なお、なぜかというのは、数学になる。それを言葉で説明するのは私には無理です。
>たまたま同じ染色体に乗ってしまった場合ですとかも想定しています。
独立の法則だったかな、それが成り立たない場合の話ですか？
う〜む、ここらになると私の能力を越えているような。
ご意見、ご要望がございましたら、掲示板か、e-mail:natrom@yahoo.co.jpへどうぞ。